La primera obra en tierras hondureñas fue el Colegio Pío X en Comayagua, 1906-1907. Duró poco, unos 14 meses, debido a la inestabilidad política. A partir de 1909 el P. José Argueta atendió con celo pastoral la parroquia capitalina Nuestra Señora de La Merced, a raíz de una solicitud hecha por Mons. Cagliero. Los salesianos abrieron una primaria en 1911, el Colegio San Miguel, en Comayagüela. También se fundó allí un oratorio y una iglesia pública. A fines de 1941 el colegio estrenó edificio. En 1969 y 1970 fue trasladado a la colonia Payaquí, Tegucigalpa, siempre con el fin de mejorar sus servicios. En 1985 aquí empezó a funcionar el Centro de Capacitación para formar profesionalmente a jóvenes de escasos recursos. En 1990 se inauguró el templo San Juan Bosco.
Por otra parte, la iglesia de Comayagüela siguió ofreciendo sus servicios religiosos. Ya en 1911 tenemos noticias de que la primaria tenía su capilla donde se colocó solemnemente una estatua de María Auxiliadora. Una nueva fue bendecida en 1930 y la iglesia se inauguró en 1954. Posteriormente fue erigida la parroquia de María Auxiliadora (1963). El huracán Mitch, 1998, hizo estragos en sus instalaciones. Los salesianos se trasladaron a una vivienda ubicada entre las colonias Ayestas y 3 de mayo. La población parroquial es de escasos recursos. Entre los servicios que se brindan están la evangelización –SINE-, oratorios, animación de grupos juveniles, rehabilitación de mareros etc.
La congregación salesiana ha dado cuatro obispos a la iglesia hondureña: Mons. José de la Cruz Turcios (†1968) , Mons. Héctor Santos († 2005), Card. Oscar Rodríguez y el Mons. Luis Santos.
